Originaire de Bourg-en-Bresse, Migonney entre à l'Ecole des Beaux-Arts de Lyon en 1893, puis à la fin de ses études rejoint à Paris l'atelier de Léon Bonnat puis l'atelier de Carrière pour parfaire sa formation. Il y rencontre Puy, Matisse, Derain, Marquet et d'autres.

Dans les premières années du siècle, il voyage en Italie, et en Espagne, cherchant à se perfectionner, en se livrant au portrait et aux natures mortes.  

De 1909 à 1911, ayant obtenu un bourse de séjour à la Villa Abd-El-Tif d'Alger, il découvre une lumière exceptionnelle et les grâces féminines, qui vont envahir sa peinture, avec de beaux nus sensuels et réalistes. C'est l'époque où il grave sur bois des scènes de hammam ou de nus, déjà très décoratifs et aujourd'hui appréciés.

Après la première guerre mondiale,  sa peinture reprend la nature morte, traitée avec sensualité et exubérance, et le nu féminin. Il participe du mouvement "Art déco" qui marque les années 20.  S'il tente de dépouiller encore son sujet de tout caractère anecdotique, il vit cependant une crise douloureuse de création, à laquelle il met fin en se suicidant en juillet 29.

Il laisse à sa ville natale un large éventail de son travail (65 peintures, des dessins et des gravures). 

Des expositions rétrospectives en 1930, à Paris (Société nationale des Beaux-Arts)  et  à Lyon (Salon du Sud-Est)  témoignent de la place qu'il occupe alors. Une grande exposition rétrospective a eu lieu à Bourg-en-Bresse en 1991.

Son oeuvre gravée n'est pas cataloguée.

Bibliog. : Jules Migonney  1876-1929,  Musée de Brou, Bourg-en-Bresse, 1991.